爱沙尼亚一贯奉行自由贸易政策，基本不存在贸易管制，海关税率也较优惠。2004年5月1日加入欧盟后，执行欧盟的贸易管理制度和海关管理规定，海关税率与欧盟一致。
　　出口方面：爱沙尼亚主要根据欧盟的法规对战略物资的出口实行管制，对其他物资的进出口基本不实行贸易管制。战略物资主要包括军用物资和军民两用物资，2004年2月爱沙尼亚颁布了《战略物资法》，对属于管制范围的战略物资作了详细的规定，主要包括各种常规武器弹药、火箭导弹、生化武器、放射性物资、航空飞行器、水面水下舰船、电子通讯设备及其他高科技军民两用产品。对于战略物资的出口实行许可证管理，制定了专门的许可证申领和管理办法，并批准了有资格申领许可证的经营公司，所有许可证必须通过国家批准的中介组织申领。该管理办法由爱外交部出口管制司负责实施。
　　进口方面:食品、动物宠物、植物和植物产品、濒危动物和植物物种、药品和珍贵金属及其制品属于限制入境的物品，多数情况下受数量限制并需要证明。自用的武器弹药、炸药经爱警察局和技术检验机构批准可以带入境，文物的出口须有欧盟的特许。
　　禁止进口的物品和货物主要有：禁止民用的刀枪和电击器具、仿冒名牌的货物、侵权产品（如盗版CD，DVD等音像制品）、毒品（如鸦片、海洛因等）、威胁生态平衡的动物和植物物种。