密克罗尼西亚联邦历史悠久，可追溯至几千年以前。最早到达群岛的是从亚洲向东以及从玻里尼西亚向北渡船驶入的古人类。后来的发现者和定居者有西班牙人、德国人和日本人，其足迹遍布群岛各处。二战后，联邦交由美国托管；之后独立自治至今。

       大多数语言学和考古学证据表明群岛最初的发现和定居历史始于两三千年之前。通常认为群岛最早的定居民是拥有园艺技能和先进海上知识的奥斯特洛尼西亚人（南岛语族人）。岛上的第一批住民由东南亚向东迁徙而来，到达今天的雅浦（Yap）。其中一些由雅浦向南到达巴布亚新几内亚岛、所罗门群岛和新喀里多尼亚，之后再到达基里巴斯和马绍尔群岛。

       密克罗尼西亚人的口述史显示：从前，构成今天密克罗尼西亚联邦的各岛屿社会联系和互动非常密切。科斯雷（Kosrae）的勒鲁城（Lelu）遗址（公元1400年）和波纳佩（Pohnpei）的南马都尔（Nan Madol ）古城遗址（公元1000年）都是这些早期人类令人难忘的丰碑见证。

       1525年，寻找香料群岛（Spice Islands，印尼）的葡萄牙航海者们发现了雅浦和乌利西环礁（Ulithi）。随后，西班牙远征军实现了欧洲与加罗林群岛其余部分的“第一次亲密接触”。西班牙在雅浦建立了殖民地政府，宣布了对加罗林群岛的统治权。直到1898年，西班牙从其太平洋的孤立岛区退出并将其在该地的相关利益特权（除“关岛”为美国所有）转让给德国。

       德国人的管理鼓励干椰仁的贸易和生产发展。1914年，日本海军对马绍尔、加罗林和北马里亚纳群岛实行军事占领，德国统治结束。

       日本对群岛的正式统治始于1920年国际联盟的托管。期间，大量的移民入住使密克罗尼西亚的日本人口超过100,000，而那时的土著居民大约40,000人。甘蔗、矿业、捕鱼和热带农业成为主要产业。

       第二次世界大战终止了日本统治时期的相对繁荣。到战争结束，大多数基础设施都毁于炮火，岛屿及人口资源被战争中的日本军队消耗殆尽。

       1947年，联合国设立太平洋群岛托管地（TTPI）。波纳佩（旧称波纳普（Ponape））、科斯雷（旧称库斯雷（Kusaie），时为波纳佩的一部分）、楚克（Chuuk，旧称特拉克（Truk））、雅浦、帕劳（Palau）、马绍尔群岛和北马里亚纳群岛共同构成托管地。美国接受该地托管任务，成为唯一联合国任命的“安全托管”，其最终部署由联合国安全理事会确定。作为托管国，美国应“促进当地经济发展，实现当地居民自给自足”。

       美国总统被任命为太平洋群岛托管地高级专员，并由其任命前述各“区域”的管理人员。托管地仍然由美国海军部管辖，直到1951年划归美国内政部民政管理。

       美国“制宪会议”之后，1978年7月12日，前述托管地四“区”（特拉克（现称楚克）、雅浦、波纳普（现称波纳佩）和库斯雷（现称科斯雷））人们投票请愿，要求按照密克罗尼西亚联邦共和国（FSM）《宪法》成立联邦。联合国观察员证实该请愿为民族自决的合法行为。人们藉此重申其由国际联盟和联合国托管多年的完整、固有的主权。

       1979年5月10日密克罗尼西亚联邦共和国《宪法》实施一经实施，前述“区域”即成为联邦各州并采用其各州宪法。举行全国民主选举，选举国家和四州政府的官员。密克罗尼西亚国会前主席中山利雄（Tosiwo Nakayama）成为密克罗尼西亚联邦首任总统并组建内阁。举行新的密克罗尼西亚联邦国会，选举贝思韦尔・亨利（Bethwel Henry）为国会议长并开始制定新成立国家的相关法律。按照国家和各州宪法确立其司法系统。基于此，美国开始按照联合国《托管协定》的条款意图进行政府职能的有序转移（1979-86）。

       密克罗尼西亚联邦共和国《宪法》一经实施，美国即对密克罗尼西亚联邦建立的国家和各州政府予以认可。密克罗尼西亚联邦共和国、马绍尔群岛共和国和帕劳共和国分别与美国谈判订立了《自由结盟条约》。密克罗尼西亚联邦“条约”于1982年10月1日签订，并于1983年投票通过。经美国国会批准通过之后，“条约”于1986年11月3日开始生效。1991年9月17日，密克罗尼西亚联邦成为联合国正式会员国。